En Allemagne, durant les derniers mois de la Seconde Guerre mondiale, « Jojo » Betzler, âgé de 10 ans, est maltraité par ses camarades alors qu’il participe à un camp des jeunesses hitlériennes. Incapable de tuer un lapin, il est traité de lâche et surnommé Jojo Rabbit. Il se console avec son ami imaginaire, Adolf Hitler. Amoureux de la « nation » et grand partisan du Führer, il voit sa vie remise en cause lorsqu’il découvre que sa mère, Rosie, cache dans le grenier de leur maison une jeune fille juive nommée Elsa.